Con motivo a los Juegos Centroamericanos y del Caribe celebrados en el país en el año 2002,  el Estadio Nacional Jorge “ El Mágico“ González obtuvo la remodelación mas grande de su historia, duplicando su aforo y modernizándose totalmente.  En su remodelación se incluía una instalación de 20,000 butacas para mayor comodidad de los aficionados, y sobre todo la instalación de la pista de Tartán, que acogió las competencias mas importantes del istmo.

Así mismo, el Complejo Deportivo “El Polvorín“, fue uno de los escenarios inaugurados bajo el mandato de Francisco Flores, que sirvió de escenario para los Juegos antes mencionados.

También se renovaron otros complejos, entre ellos el Gimnasio Nacional “Adolfo Pineda“, El Palacio de los Deportes, remodelación y construcción de patinódromo, en las instalaciones del Velódromo Nacional.

Cabe destacar que durante su mandato y por la realización de los Juegos C.A. y del Caribe 2002 fue posible la creación de un centro de entrenamiento de remo en el Lago de Coatepeque, específicamente en el centro obrero de constitución del Ministerio de Trabajo con el propósito de capacitar mejores atletas en ese deporte, y en agradecimiento la Federación Salvadoreña de Remo, nombró uno de sus botes para ocho tripulantes como “Francisco Flores“.

Gracias a sus buenas obras durante ese período, los atletas contaron con mejores instalaciones deportivas y entrenadores extranjeros capacitados que desarrollaron el potencial de nuestros atletas, lo cual se vio reflejado gradualmente en los resultados obtenidos en distintas competencias internacionales de cada deporte y en los eventos de ciclo olímpico.

Tanto que para los Juegos Panamericanos de Río 2007 El Salvador logró ganar la mayor cantidad de medallas en la historia de juegos panamericanos, con 10 medallas en total: Un oro, tres platas y 6 bronces.

Con esta breve reseña, el Comité Olímpico de El Salvador reconoce el aporte hacia el deporte realizado por Francisco Flores durante su gestión presidencial.